El 24 de enero de 1939, la ciudad de Chillán fue prácticamente borrada del plano, producto del gran terremoto de 7.8 grados Richtter que azotó y golpeó a 42.817 habitantes. Las desoladoras consecuencias del terremoto, motivaron al Obispo de la época, Monseñor Jorge Larraín Cotapos, solicitar a las religiosas del I.B.M.V (Instituto de la Bienaventuranza Virgen María), que establecieran un colegio. Así, un grupo de religiosas alemanas, instalan el colegio en calle Carrera esquina Bulnes.

Mientras se retiran escombros, se inicia la construcción de dos salas de madera y dos pequeñas piezas para las religiosas. La matrícula se realiza en oficinas del Obispado estando a cargo de religiosas. Las hermanas que fundaron la Congregación en Chillán fueron: M. Albertine Ehrl (Superiora), M. Amalia Hagen, M. Aquitana Seeberger, M. BetildeRiedl, M. Waltrudis Ehrard.

Con una matrícula de 27 alumnas el Instituto Chillán abre sus puertas el 22 de mayo de 1939, siendo su Directora, la superiora de la Congregación, M. Albertine Ehrl. En junio del mismo año, se abre el internado para satisfacer las necesidades de 7 alumnas provenientes de distintos puntos de la provincia. En agosto de 1939, se dispone de una pequeña capilla atendida por el padre Guillermo Carrasco, primer capellán del Instituto.

En 1940, se cierra el internado por falta de salas, pues se crea el segundo de humanidades, reabriéndose en 1941; hacia 1942, ya existen 161 niñas, 17 de ellas internas.

En 1943, hay ya 168 estudiantes, hacia 1944, se copa la capacidad con 189 matriculadas. Este mismo año, se edifica el edificio San Conrado y se terminan las humanidades.

En 1945, el número de matrícula llega a 266 alumnas, de las cuales, 35 son internas. Ese mismo año, se autoriza el funcionamiento del segundo Ciclo de Humanidades.

El 16 de noviembre de 1949, el Ministerio de Educación, reconoce al Instituto Chillán como cooperador de la función educacional del Estado. Ese mismo año, se edifica un segundo piso. El reconocimiento de sus notas anuales se logra en noviembre del año 1950.

El 22 de abril de 1957, el Instituto Chillán pasa a llamarse Instituto Santa María. Siendo directora M. Gabriela Sahler, se construye lo que existe del portón de calle Carrera hacia el norte. La fachada actual por Bulnes, con sus tres pisos, se construye en 1960. En 1963, se edifica todo el complejo interior. En 1965, se construye el gimnasio 1 con salida a calle Bulnes. En octubre de 1970, se le permite al colegio, funcionar sin la tutela del Liceo de Hombres de Chillán.

En la década de los 80, se construye el gimnasio 2 y las salas sobre el gimnasio N° 1. A sus 50 años, el Instituto Santa María de Chillán, cuenta ya con 45 profesionales de la educación, 26 salas de clases, sala de computación, biblioteca, sala de proyecciones, sala de música, sala de mapas, salón de conferencias y modernos equipos de proyecciones.

En 1995, el Centro General de Padres de la época adquiere un terreno, que posteriormente, sería el campo deportivo del colegio. En 1998, el Instituto Santa María se convierte en un colegio mixto. El año 2001, el Instituto Santa María, pasa a ser un colegio particular subvencionado con financiamiento compartido.